MITOP - Description of MITOP

Descrizione di MITOP

Nel corso dell'evoluzione, si ritiene che i precursori delle cellule eucariote abbiano incorporato eubatteri che vivevano liberamente, i precursori dei mitocondri. La conseguente disponibilità di un metabolismo aerobico fu un enorme vantaggio per le cellule ospitanti. Col tempo, la maggior parte delle sequenze codificate del genoma mitocondriale vennero perso, perdendo la maggioranza delle funzioni specializzate per essere fornite dai prodotti di geni codificati dal nucleo.

In the course of evolution, precursors of eukaryotic cells are believed to have incorporated free-living eubacteria, the precursors of mitochondria. The resulting capability for aerobic metabolism was a huge advantage for the host cells. Over time, most of the coding sequences of the mitochondrial genome were lost, leaving the majority of specialized functions to be provided by nuclear-encoded gene products.

Virtualmente tutte le proteine richieste per l'organizzazione strutturale ed il mantenimento, come pure diverse subunità dell'apparato della catena respiratoria dei mitocondri sono codificati dal genoma nucleare. Esse sono sintetizzate sui ribosomi citosolici liberi e importate dentro i mitocondri attraverso processi di trasporto specifici dal citoplasma circostante. In molti animali, il genoma mitocondriale codifica solo 13 proteine per la catena respiratoria. La complessa funzione mitocondriale è pertanto regolata da due differenti genomi.

Virtually all proteins required for the structural organization and maintenance, as well as several subunits of the respiratory chain apparatus of mitochondria are encoded by the nuclear genome. They are synthesized on free cytosolic ribosomes and imported into the mitochondria via specific transport processes from surrounding cytoplasm. In most animals, the mitochondrial genome encodes only 13 proteins for the respiratory chain. The complex mitochondrial function is thus regulated by two different genomes.

Noi, una collaborazione tra differenti istituzioni, abbiamo creato il database MITOP. Il progetto MITOP è sostenuto da un Progetto tedesco sul genoma umano finanziato dal BMBF (Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft, Forschung und Technologie). MITOP combina tutte le informazioni rilevanti concernenti gli aspetti genetici, funzionali e patologici-umani del fondamentale ruolo dei mitocondri nell'organismo, con l'accento sulle proteine codificate dal nucleo. Sono stati fatti separati archivi per ciascuna specie (umana, topo e lieviti ) di dati integrati sulle proteine codificate dal nucleo e dai mitocondri per una disponibilità pubblica online delle risorse. Sono state raccolte informazioni su fonti di dati relative a 390 proteine del lievito, 270 proteine umane e 120 proteine di topo.

MITOP combines all relevant information concerning genetic, functional and human-pathological aspects of the central role of mitochondria in the organism, with an emphasis on nuclear encoded proteins. Separate files were made for each species (human, mouse and yeast), integrating data about nuclear and mitochondrial encoded proteins from publicly-available online resources. Information from 390 yeast, 270 human and 120 mouse protein data sources were collected.

MITOP offre specifiche facilitazioni di ricerca suddivise in classificazioni per categoria funzionale, classi di proteine e complessi, localizzazioni subcellulari, numeri EC, peso molecolare e puniti isolettrici, .....Esso include una ricerca per omologia per ciascuna proteina usando un FASTA preparato.

MITOP offers specific search facilities subdivided into functional category classification, protein classes and complexes, subcellular localizations, EC numbers, molecular weight and isoelectric points, Prosite motifs and non-protein entries. It includes a homology search for each protein using a precomputed FASTA.

Inoltre, noi integriamo uno speciale programma di ricerca per selezionare e identificare peptidi indirizzati ai mitocondri, usando MITOPROT. Noi elenchiamo le proteine mitocondriali con le associate malattie cliniche dell'uomo e presentiamo i diagrammi della catena respiratoria con le tabelle dei geni collegabili. Inoltre, inseriamo una rappresentazione del percorso di importazione nei mitocondri.

Furthermore, we integrated a special search program to select and identify mitochondrial targeting peptides, using MITOPROT. We list mitochondrial proteins with associated clinical diseases for humans and present respiratory chain diagrams with linkable gene tables. In addition, we include a mitochondrial import pathway illustration.

Sono disponibili collegamenti diretti ad altri database come Genome Data Base (GDB), PIR, Mouse Genome Database (MGD), Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), GenBank and Medline.

Il database MITOP è progettato per consolidare l'ampio spettro di informazioni disponibili sui mitocondri, in combinazione con gli esistenti speciali database del mtDNA (MITOMAP). Come strumento per genetisti, biologi molecolari e clinici, MITOP dovrebbe aumentare la comprensione del metabolismo mitocondriale e l' interazione dei genomi mitocondriale e nucleare. Dovrebbe migliorare l'efficienza nel scoprire nuove proteine e geni collegati ai mitocondri.

As a tool for geneticists, molecular biologists and clinicians, MITOP should increase the understanding of mitochondrial metabolism and the interaction of the nuclear and mitochondrial genomes. It should improve the efficiency of finding new mitochondrially-related proteins and genes.

Informazioni che associano la malattia umana e l'aspetto funzionale provenienti dal database Swissprot sono integrati in MITOP.

Functional and human disease associated information from the Swissprot database were integrated in MITOP.

Vorremmo ringraziare la squadra del MIPS lievito (Kaj Albermann, Jean Hani and Alfred Zollner) per averci fornito i seguenti cataloghi: Funzionale, Categorie, Classi di proteine e Complessi proteici.

We would like to thank the MIPS yeast crew (Kaj Albermann, Jean Hani and Alfred Zollner) for providing the following catalogues: Functional Categories, Protein Classes and Protein Complexes.

Vorremmo ringraziare Herwig Haas per il suo aiuto tecnico nella costruzione del database MITOP. La rappresentazione dei cromosomi umani venne resa disponibile da David Adler. IL programma MITOPROT per prevedere le sequenze obiettivo dei mitocondri è stato gentilmente fornito da Pierre Vincens e Manuel G. Claros.

We would like to thank Herwig Haas for his technical help in building up the MITOP-database. The human chromosome pictures were made available by David Adler. The MITOPROT program for predicting mitochondrial targeting sequences was kindly provided by Pierre Vincens and Manuel G. Claros.

L'utilizzatore è invitato a contattare gli editori per correzioni, commenti e suggerimenti utili per aumentare il valore di questo database. Proposte relative a nuovi geni mitocondriali, proteine e malattie o altri inserimenti sono sempre benvenuti.

The user is invited to contact the editors with corrections, comments and suggestions to increase the value of this database. Proposals for new mitochondrial genes, proteins and diseases or other entries are always welcome.

Inviare commenti a: Curt Scharfe (database annotation) o Paolo Zaccaria (database management)

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