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ubichinolo + 2 citocromo C+++ + 2H+(in) => ubichinone + 2 citocromo C++ + 4H+(out)
Questo enzima è costituito da undici catene polipeptide, solo una delle quali è codificata dal DNA mitocondriale. Le rimanenti subunità sono importate dal citoplasma. Le due subunità centrali (I & II) non contengono gruppi redox ma sono essenziali per l'assemblaggio appropriato dell'intero complesso. La subunità III mitocondriale contiene due gruppi prostetici eme b che differiscono considerevolmente nel potenziale redox. La subunità IV (citocromo c1) contiene un ulteriore eme c, e la subunità V contiene un cluster ferro-solfuro. Le subunità III, IV e V sono presenti nei rapporti molari 2:1:1. Il cluster ferro-solfuro e citocromo c1 (che cedono elettroni al soluto, basso peso molecolare citocromo c) sono entrambi presenti sul lato citosolico della membrana interna.
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